Un colegio para la Corte
El establecimiento de un colegio de la Compañía de Jesús en Madrid comenzó a considerarse cuando la ciudad se convirtió en Corte a mediados del siglo XVI. Pedro de Rivadeneyra había trasladado la propuesta al general Laínez, pero la iniciativa fue encomendada al comisario general de España, el padre Francisco de Borja.
A este propósito favoreció la desaparición de los Estudios de la Villa y, sobre todo, el impulso decisivo que Borja otorgó al proyecto durante su generalato. El nuevo colegio debía contribuir a la formación intelectual y espiritual de la juventud cortesana. Entre otros rasgos distintivos, el método pedagógico innovador de la Compañía y las materias impartidas por los jesuitas venían a suplir el vacío existente de un centro educativo de referencia en la capital. Sin embargo, las dificultades a las que el instituto tuvo que hacer frente en los decenios siguientes ralentizaron el avance del proyecto. La emperatriz María, hermana de Felipe II, proporcionó finalmente un apoyo imprescindible para su culminación.